李时珍保留的著作甚多，代表性的著作《本草纲目》具有划时代意义，达尔文也曾受益于此书，并称其为“中国古代的百科全书”。近两百万字的《本草纲目》是李时珍花费27年编著的医药学巨著，内容涉及医学、药学、动物学、植物学、矿物学等多个领域。《本草纲目》的撰写源于李时珍熟读医术，发现古代本草书籍中有不少错误，便立志撰写一部全面的医药书籍，厘正各家药著的错误，并对有疑惑的草药加以修正。于是他学习上古神农尝百草来。走进田间地头、山间田野，不辞辛劳，足迹遍布全中国，对药物进行实物加实地的对照，不拘泥于古书，实事求是地辨认药物。例如，为了研究透彻蕲春特产蕲蛇，李时珍亲上家乡龙峰山，实地观察、研究蕲蛇，与蛇农交朋友，并写成了一篇专门论述蕲蛇的文章——《蕲蛇传》，虽然此文并未流传下来，但在《本草纲目》中，用两千余字外加一幅插图详细描述蕲蛇便是其精华所在。以小见大，便可充分体现李时珍严谨的科学精神及实事求是的科学原则。
李时珍除了在药学上具有巨大贡献外，对临床各科疾病的防治也有很深的造诣，尤其对后天之本脾胃的临证经验记载颇多。李时珍将脾胃病分为“劳倦、虚寒、食滞、酒毒”四类，并总结出呕吐、呃逆、噎膈、吞酸嘈杂、反胃、霍乱、泄泻、痢、心下痞满、胀满、黄疸、大便燥结、脱肛、肠鸣等，现代教材《中医内科学》中脾胃病病种有8个病名与《本草纲目》里相同。李时珍的脾胃思想继承了李东垣的思想特点，在继承中，又有创新，形成了自己的学术特点。
李时珍因其对世界医学发展的重大贡献，被世界和平理事会评为“世界文化名人”；《本草纲目》被联合国教科文组织选入《世界记忆名录》；郭沫若称赞他为“医中之圣”；李时珍编写《本草纲目》的故事也是小学语文教材的一篇课文，虽然教材在变，但是一直到今天，李时珍的故事仍保留在各版语文教科书中！
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