（4）用于疾病的诊断与治疗
人体本身是一个有机的整体，内部脏腑有病可以反映于机体的体表，从色泽、声音、形态、口味、脉象、舌苔等多方面反映出来。由于对五脏与五色、五音、五味等都以五行进行分类归属，作了一定的联系，形成五脏系统的层次结构，所以为疾病的诊断奠定了理论基础。因此，在临床诊断上，我们即可以综合四诊材料，根据五行所属及其生克乘侮规律来推断病情。如面见青色，喜食酸味，两胁胀痛，脉弦，即可诊为肝病；面见赤色，口味苦，舌尖红或糜烂，脉洪或数，则可诊为心火亢盛；而脾虚病人，面色见青，口泛酸水，则可诊为肝木乘土，即肝脾不和之证。
一般来说，中医诊病很重视色诊和脉诊的结合应用，且能在客观上大致反映出疾病的状况。但是，欲从色脉来判断病情的发展趋势，则主要是运用五行的生克关系。如《医宗金鉴·四诊心法》指出："色脉相合，已见其色，不得其脉，得克则死，得生则生。"即色脉相符，为病情发展正常；脉克色为逆；脉生色为顺。如肝病，色青而见弦脉，是为色脉相符；如不见弦脉而反见浮脉(肺脉)，则属相克之脉，即脉克色(金克木)为逆；若得沉脉(肾脉)，即脉生色(水生木)，则为顺。此种判断预后的生克关系，在临床上虽然亦有一定的参考价值，但不能机械地套用。
五行学说用于临床治疗方面，则主要在于控制疾病的传变和确定治则治法两方面。
（1）控制疾病传变
疾病的发生，主要在于机体脏腑阴阳气血功能的失调。而脏腑组织的功能失调也必然反映于内脏生克制化关系的失常。因此，疾病的传变，则常是一脏受病而波及他脏，或他脏受病而传及本脏。因此，在临床上除对所病本脏进行适当处理外，特别应考虑到与其有关脏腑之间的传变关系，并应根据五行的生克乘侮规律来调整其太过或不及，以控制或防止其疾病的传变，使之恢复其正常的功能活动。如肝脏有病，则应经常注意强健脾胃，以防其传变。脾胃不虚，则疾病不易传变，且易于痊愈。故《难经》说："见肝之病，则知肝当传之于脾，故实脾气。"
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